Leagues and Clubs of Croatia1998/99
1. HNL (1. League)
- 1. Croatia Zagreb
- 2. HNK Rijeka
- 3. Hajduk Split
- 4. NK Osijek
- 5. Hrvatski Dragovoljac Zagreb
- 6. Varteks Varaždin
- 7. Slaven Belupo Koprivnica
- 8. HNK Šibenik
- 9. Cibalia Vinkovci
- 10. NK Zagreb
- 11. NK Zadar
- 12. Mladost 127 Suhopolje
2. HNL (2. League)
- 1. NK Vukovar '91
- 2. Istra Pula
- 3. Segesta Sisak
- 4. NK Čakovec
- 5. RNK Split
- 6. NK Belišće
- 7. NK Bjelovar
- 9. Zagorec Krapina
- 11. Solin Građa
- 12. Croatia Sesvete
- 13. Orijent Rijeka
- 14. Mladost Donji Proložac
- 17. NK Samobor
- 18. Posavina Zagreb
- 19. Inker Zaprešić
3. HNL Istok (East) (3. League)
- 1. Marsonia Slavonski Brod
- 5. Olimpija Osijek
- 6. Slavonac Stari Perkovci
- 10. Grafičar Vodovod Osijek
- 11. NAŠK Našice
- 13. Slavonija Požega
- 15. Baranja Belje
3. HNL Jug (South) (3. League)
- 1. Mosor Žrnovnica
- 2. Junak Sinj
- 3. NK Imotski
- 5. Primorac Stobreč
- 7. NK Omiš
- 9. Primorac Biograd
- 10. Val Kaštel Stari
- 11. Neretva Metković
- 12. Jadran Luka Ploče
- 13. GOŠK Dubrovnik
- 14. Uskok Klis
- 16. HNK Zmaj Makarska
3. HNL Sjever (North) (3. League)
- 2. Ivančica Ivanec
- 4. NK Koprivnica
- 9. NK Varaždin
- 12. Podravina Ludbreg
3. HNL Središte (Center) (3. League)
- 2. TŠK Topolovac
- 3. Lokomotiva Zagreb
- 5. NK Karlovac
- 7. Radnik Velika Gorica
- 8. Špansko Zagreb
- 9. Ponikve Zagreb
- 10. Lučko Zagreb
- 12. Bojovnik Novi Golubovec
- 16. Mladost Petrinja
3. HNL Zapad (West) (3. League)
- 1. Pomorac Kostrena
- 3. Uljanik Pula
- 4. NK Buje
- 5. Grobničan Čavle
- 8. NK Opatija
- 9. Pazinka Pazin
- 13. NK Rovinj
- 16. NK Umag
1. ŽNL Koprivničko-križevačka (4. League)
1. ŽNL Međimurska (4. League)
1. ŽNL Šibensko-kninska (4. League)
1. ŽNL Splitsko-Dalmatinska (4. League)
- 1. Orkan Dugi Rat
- 5. Urania Baška Voda
- 10. NK Dugopolje
- 12. Croatia Zmijavci
- 13. HNK Trogir
1. ŽNL Zadarska (4. League)
- 1. Velebit Benkovac
- 9. NK Pag
- 13. Arbanasi Zadar
Jedinstvena Zagrebačka županijska liga (4. League)
- 1. NK Dugo Selo
- 3. Iskra Zelina
- 7. Graničar Tučenik
- 15. NK Bistra
